Erzbischof Philotheus, mit bürgerlichem Namen Wladimir Jewdokimowitsch Narko, wurde am 21. Februar 1905 im Dorf Zanarotsch im Gouvernement Wilna als Sohn eines Priesters geboren. 1924 schloss er das Geistliche Seminar in Wilna ab und setzte anschließend seine Ausbildung an der Theologischen Fakultät der Universität Warschau fort. 1925 trat er als Novize in die Lawra von Počajew ein. 1928 empfing er die Mönchsweihe mit dem Namen Philotheus und wurde zum Mönchsdiakon und Mönchspriester geweiht. Von 1929 bis 1931 war er Vorsteher des Onuphrios-Klosters in Jabłeczna. Von 1931 bis 1933 setzte er seine theologische Ausbildung an der Schule von Chalki fort. Nach seiner Rückkehr wirkte er in Galizien, wo er Vorsteher des Klosters von Jabłeczna, Dekan und Leiter einer geistlichen Mission war. 1934 wurde er in den Rang eines Archimandriten erhoben.

1936 wurde Archimandrit Philotheus zum Inspektor und Dozenten am Geistlichen Seminar von Warschau ernannt. Nach der Verteidigung seiner Magisterarbeit lehrte er an der Theologischen Fakultät der Universität Warschau. Zugleich versah er seinen Dienst an der Warschauer Kathedrale. 1940 wurde er zum Vorsteher der weißrussischen orthodoxen Gemeinde in Warschau ernannt, und 1941 zum Bischof von Sluzk geweiht. Ab 1942 verwaltete er die Diözese Mogiljow und wurde in den Rang eines Erzbischofs erhoben. Während der Abwesenheit von Metropolit Panteleimon (Roschnowski) leitete er vorübergehend die Weißrussische Metropolie. Während des Krieges wirkte er am Wiederaufbau des orthodoxen kirchlichen Lebens in Weißrussland mit.

1944 wurde Erzbischof Philotheus mit dem Herannahen der sowjetischen Truppen gemeinsam mit den anderen weißrussischen Bischöfen von den deutschen Behörden aus Weißrussland nach Deutschland gebracht. Nach Kriegsende lebte er mit den weißrussischen Displaced Persons in Bayern. Im Januar 1946 unterstützte er die Entscheidung der weißrussischen Bischöfe in der Diaspora, in die Russische Orthodoxe Kirche im Ausland einzutreten. Dieser Beschluss wurde auf dem Bischofskonzil der ROKA umgesetzt, das im Mai 1946 in München zusammentrat. Während des Konzils setzte sich Erzbischof Philotheus dafür ein, die weißrussische kirchliche Struktur innerhalb der ROKA zu bewahren.

Am 28. Juni 1946 wurde Erzbischof Philotheus zum Verwalter des Großhessischen Vikariats der Deutschen Diözese mit Sitz in Wiesbaden ernannt. Die Wiesbadener Kirche wurde zu einem der Zentren des kirchlichen Lebens im Vikariat. Hier setzte er seine Arbeit unter den orthodoxen Flüchtlingen und Displaced Persons fort. Der Erzbischof unternahm regelmäßig Reisen zu den Orten, an denen sie sich niedergelassen hatten, zelebrierte Gottesdienste, taufte Kinder und Erwachsene, spendete das Sakrament der Ehe, führte Gespräche und half Menschen, die nach dem Krieg in schwierige Lebensumstände geraten waren. Sein Wirken zielte darauf ab, dass die verstreut lebenden Gruppen von Orthodoxen allmählich ein stabiles Gemeindeleben entwickeln konnten.

1948 lehnte Erzbischof Philotheus das Angebot ziviler weißrussischer Organisationen ab, die Leitung der nichtkanonischen Weißrussischen Autokephalen Orthodoxen Kirche zu übernehmen. 1953 wurde er zum Verwalter des Nordwestdeutschen Vikariats der Deutschen Diözese ernannt und zog nach Hamburg. Von diesem Zeitpunkt an wurde Hamburg zum Mittelpunkt seines Wirkens. In den folgenden Jahrzehnten unternahm der Erzbischof zahlreiche Reisen durch die Gemeinden seines Vikariats. Er besuchte Gemeinden ohne ständigen Geistlichen, zelebrierte, spendete die Sakramente und unterstützte das kirchliche Leben kleiner orthodoxer Gemeinschaften. Besondere Aufmerksamkeit galt Kindern und Jugendlichen: Es wurden Zusammenkünfte und Sommerlager veranstaltet, die dazu beitrugen, die orthodoxe Tradition in den Familien der Emigration zu bewahren.

Seit Mitte der 1950er Jahre setzte sich Erzbischof Philotheus zudem für die Wiedererrichtung der Weißrussischen Metropolie innerhalb der ROKA ein. Diese Initiative fand jedoch keine Unterstützung beim Bischofssynod. Zugleich pflegte er seine Verbindungen zu den weißrussischen Organisationen der Emigration und beteiligte sich an deren gesellschaftlichem und kulturellem Leben.

Von besonderer Bedeutung war der Bau der neuen Kirche zu Ehren des hl. Prokopius von Ustjug in Hamburg. Die steinerne Kirche wurde von 1961 bis 1965 im russischen Baustil errichtet, wobei man sich an den Traditionen des alten Nowgorod orientierte. Die Prokopiuskirche entwickelte sich zu einem Zentrum des kirchlichen Lebens in Hamburg und Norddeutschland.

Im Februar 1971 wurde Erzbischof Philotheus nach dem Eintritt von Erzbischof Alexander (Lovčij) in den Ruhestand zum kommissarischen Verwalter der Deutschen Diözese ernannt. Im September desselben Jahres bestätigte ihn das Bischofskonzil der ROKA als Diözesanbischof und verlieh ihm den Titel „Erzbischof von Berlin und Deutschland“. 1978 beging die Diözese feierlich das 50. Jubiläum seiner Priesterweihe.

Einen bedeutenden Teil seines Wirkens nahmen die Kontakte zu Vertretern anderer christlicher Konfessionen ein. Er nahm an internationalen und interkonfessionellen Begegnungen teil, sprach bei gesellschaftlichen und kirchlichen Veranstaltungen und pflegte Kontakte zu katholischen und protestantischen Kreisen in Deutschland. Seine Offenheit und sein wohlwollendes Auftreten trugen zu einem besseren gegenseitigen Verständnis zwischen den Vertretern verschiedener christlicher Traditionen bei. 1981 wurde sein Wirken mit dem Bundesverdienstkreuz gewürdigt.

1982 trat Erzbischof Philotheus aus gesundheitlichen Gründen in den Ruhestand, blieb jedoch in Hamburg wohnen. Am 24. September 1986 verstarb er im Alter von 81 Jahren. Nach der Aussegnung in der Prokopiuskirche wurde Erzbischof Philotheus auf dem Russisch-Orthodoxen Friedhof in Wiesbaden beigesetzt.