Архиепископ Нафанаил, в миру Василий Владимирович Львов, родился 17 августа 1906 года в Москве в дворянской семье. Его отец, Владимир Николаевич Львов, был государственным и церковным деятелем и в 1917 году занимал должность обер-прокурора Святейшего Синода. После Гражданской войны семья оказалась в эмиграции в Китае. В Харбине Василий окончил реальное училище, работал на Китайско-Восточной железной дороге и активно участвовал в скаутском движении.

В 1924 году епископ Нестор (Анисимов) поставил его во чтеца. В 1929 году Василий Львов принял монашеский постриг с именем Нафанаил, после чего был рукоположен во иеродиакона и иеромонаха. Он служил в Харбине, учился на Пастырско-богословских курсах, занимался миссионерской и просветительской деятельностью. С 1928 по 1938 год был личным секретарём и келейником епископа Нестора. В 1936 году возведён в сан архимандрита.

В 1939 году архимандрит Нафанаил прибыл в Европу и поступил в монастырь преподобного Иова Почаевского в Ладомировой, где продолжил церковно-просветительскую работу. В годы Второй мировой войны он участвовал в распространении православной литературы на оккупированных территориях Советского Союза и окормлял устроенный словацкими властями лагерь для советских граждан, бежавших с оккупированных территорий.

Особенно значительной стала деятельность архимандрита Нафанаила в Германии в последние месяцы войны и первые послевоенные годы. С января по апрель 1945 года он находился в Берлине, где исполнял обязанности настоятеля Воскресенского собора. Одновременно решением Архиерейского Синода РПЦЗ был назначен представителем Церкви при Комитете освобождения народов России.

В конце апреля 1945 года, в связи с приближением советских войск, архимандрит Нафанаил вместе с иеромонахом Виталием (Устиновым) покинул Берлин и направился на север Германии. Через несколько дней они прибыли в Гамбург, где организовали подворье Братства преподобного Иова Почаевского.

В сентябре 1945 года по инициативе архимандрита Нафанаила и при поддержке митрополита Серафима (Ляде) была создана Северо-Германская епископская администратура с центром в Гамбурге. Она охватывала огромную территорию — от Шлезвиг-Гольштейна и Ганновера до Рурской области и Рейнской провинции. Архимандрит Нафанаил получил широкие административные полномочия и фактически стал организатором церковной жизни РПЦЗ на севере Германии. Перед ним стояла чрезвычайно сложная задача: в британской зоне находились тысячи православных беженцев и перемещённых лиц, тогда как духовенства, богослужебных книг и других необходимых церковных материалов остро не хватало. Под его руководством открывались новые приходы, при них создавались братства преподобного Иова, развивалась церковно-просветительская деятельность. В лагере Фишбек близ Гамбурга были открыты пастырские курсы, призванные подготовить новых церковнослужителей.

Архимандрит Нафанаил активно взаимодействовал с британскими военными властями, добиваясь признания церковных учреждений и получения разрешений на их деятельность. Это позволяло открывать новые приходы и школы, организовывать богослужения и распространять православную литературу среди беженцев и перемещённых лиц. Одновременно он участвовал в защите тех, кому угрожала насильственная репатриация в Советский Союз. Благодаря его деятельности и при его непосредственном участии несколько тысяч человек смогли избежать насильственной выдачи

В марте 1946 года архимандрит Нафанаил был хиротонисан во епископа Брюссельского и Западноевропейского. После разделения Западноевропейской епархии в конце 1950 года он получил назначение на Гаагскую и Престонскую кафедру.

В январе 1953 года епископ Нафанаил был направлен в Тунис, получив полномочия администратора русских приходов в Северной Африке. При его участии в столице Туниса было положено начало строительству Воскресенского храма. В сентябре того же года Архиерейский Синод освободил его от служения в Тунисе и определил местом его дальнейшего пребывания монастырь преподобного Иова Почаевского в Мюнхене. В ноябре 1954 года епископ Нафанаил был официально почислен на покой с пребыванием в этой обители. Здесь епископ Нафанаил занялся церковно-историческими и просветительскими трудами. Он исследовал историю христианства Северной Африки, подготовил работу «Духовное наследие Северной Африки», а совместно с архиепископом Иоанном (Максимовичем) участвовал в составлении святцев, дополняя их именами святых Северной Африки и Западной Европы, прославленных до разделения Церквей. После кончины в 1966 году настоятеля обители архимандрита Корнилия (Малюшицкого) он стал его преемником. Здесь продолжалась его церковно-издательская и просветительская деятельность. Он редактировал епархиальный журнал и «Вестник православного дела», занимался составлением и редактированием житий святых. В 1974 году Нафанаил был назначен епископом Венским, викарием Западноевропейской епархии, а в 1981 году возведён в сан архиепископа.

Архиепископ Нафанаил скончался 8 ноября 1986 года в Мюнхене. После отпевания в монастыре преподобного Иова Почаевского он был погребён на русском кладбище в Висбадене.