Архиепископ Афанасий родился 8 сентября 1904 года в деревне Завитая Слуцкого уезда Минской губернии. Получил образование в Несвиже, затем учился на богословском факультете Варшавского университета. В 1927 году принял монашеский постриг в Почаевской лавре с именем Афанасий в честь преподобномученика Афанасия Брестского. В 1928 году был рукоположен во иеродиакона, в 1929-м — во иеромонаха. В 1933 году получил степень магистра богословия, а в 1939 году — степень доктора богословия. До начала Второй мировой войны служил на приходах, преподавал и занимался воспитанием студентов богословского факультета Варшавского университета.

В годы немецкой оккупации Белоруссии архимандрит Афанасий участвовал в восстановлении церковной жизни. В 1942 году он был хиротонисан во епископа Витебского с временным управлением Новогрудской епархией. Участвовал в организации церковного управления и подготовил проект устава Белорусской Церкви; возглавлял её Учебный комитет. В 1944 году, с отступлением немецких войск, епископ Афанасий эвакуировался вместе с другими белорусскими архиереями.

После войны владыка оказался в Баварии и в 1946 году вошёл вместе с другими белорусскими архиереями в состав Русской Православной Церкви Заграницей. 2 августа 1946 года митрополит Серафим (Ляде) назначил его временно управляющим Северо-Германским викариатством с центром в Гамбурге.

Перед епископом Афанасием стояла сложная задача: организовать церковную жизнь среди тысяч православных перемещённых лиц, находившихся в лагерях британской зоны оккупации. Приходы существовали в Гамбурге, Любеке, Шлезвиге, Ганновере и других городах и лагерях. Уже в декабре 1946 года владыка объехал десять лагерей, в каждом совершая Божественную литургию и проповедуя. Знание немецкого языка позволяло ему непосредственно общаться с местными властями и представителями британской администрации.

Епископ Афанасий стремился не только поддерживать существующие приходы, но и развивать церковную жизнь. Он реорганизовал управление викариатством, создал миссионерский отдел, организовывал лекции и съезды духовенства. На пастырских съездах обсуждались вопросы богослужения, проповеди, катехизации, воспитания детей и миссионерской работы. В 1947 году викариатство объединяло 17 приходов, где служили 25 священнослужителей.

Особое внимание владыка уделял церковному образованию. В 1947 году он приступил к подготовке открытия в Гамбурге богословской школы. Епископ получил разрешение британских властей, определил требования к будущим учащимся и планировал разместить школу при храме. Предполагалось принимать молодых людей в возрасте от 21 до 30 лет с законченным средним образованием.

Важным направлением оставалась издательская работа: по инициативе владыки началось издание церковного журнала, освещавшего жизнь викариатства. Одновременно он заботился о самых насущных нуждах духовенства и приходов — от богослужебных принадлежностей до продовольствия.

К концу 1940-х годов массовый отъезд перемещённых лиц привёл к сокращению числа лагерей и приходов. В 1950 году епископ Афанасий эмигрировал из Германии и продолжил архипастырское служение в Австралии.

В начале 1956 года по собственному прошению епископ Афанасий был переведён на Аргентинскую и Парагвайскую кафедру. Здесь владыка многое сделал для юридического оформления общин Русской Православной Церкви Заграницей и их признания со стороны государственных властей. При его деятельном участии в Буэнос-Айресе был построен кафедральный собор.

В 1957 году, «во внимание к усердному служению Святой Церкви и архипастырским трудам по управлению Аргентинской епархией», епископ Афанасий был возведён в сан архиепископа.

Архиепископ Афанасий скончался 3 ноября 1983 года в Буэнос-Айресе. Похоронен на кладбище Свято-Троицкого монастыря в Джорданвилле.

Четыре года его служения на севере Германии стали важным периодом послевоенного становления церковной жизни в британской зоне. Владыка стремился создать не только сеть приходов для беженцев, но и устойчивую систему духовного образования, миссионерской работы и церковного управления, опыт которой впоследствии был перенесён православными эмигрантами в новые страны проживания.

Архиепископ Афанасий оставил потомкам ценное духовное и историческое наследие. В своих мемуарах «На ниве Христовой» он запечатлел свидетельства о пережитом и о церковной жизни своего времени, а в капитальном труде «Беларусь в исторической, государственной и церковной жизни» обратился к осмыслению многовековой истории своей родины.