Будущий архиепископ Агапит (Грачек) родился 25 сентября 1955 года во Франкфурте-на-Майне, в семье инженеров и архитекторов. Александр был вторым из трех детей своих родителей Владимира Яромировича Горачека и Нины Викторовны, урожденной Ельмисовой. Дед по отцовской линии – Яромир – был чехом из Праги, учился в Петербурге и, создав семью, остался в России. После его смерти в начале 1920-ых годов, вдова с двумя сыновьями уезжает к семье мужа в Прагу, и после войны – в Германию. Здесь Владимир Яромирович знакомится с молодой Ниной Викторовной и женится на ней, в то время как ее родители отчаливают дальше в Америку.

Во Франкфурте рождаются дети Михаил, Александр – будущий владыка Агапит – и Марфа. Владимир Яромирович – инженер-строитель, но занимается скорее идейной деятельностью: еще будучи в Чехословакии он был председателем отделения Народно-Трудового Союза в Чехословакии, а во Франкфурте он становится руководителем издательства Посев. Таким образом, сыновья растут в достаточно политической эмигрантской среде, а вместе с тем с любовью к России и русской литературе. Не в последнюю очередь, их детство и юность проходит и под впечатлением строительства франкфуртского Никольского храма – главным инициатором и руководителем которого был их отец Владимир Яромирович.

После окончания гимназии и службы в армии, Александр в 1976 году поступает на архитектурный факультет Дармштадтского университета, но посещает и курсы по философии, политологии и истории. Он начинает дружить с архимандритом Марком, будущим митрополитом Берлинским и Германским, основавшегося к тому моменту в соседнем городе Висбаден. В 1978 году он участвует во Всезарубежном съезде русской православной молодёжи в Торонто, а после его завершения посещает Свято-Троицкий монастырь в Джорданвилле. В итоге этой поездки Александр решает стать послушником о. Марка. В 1980 году, после рукоположения архимандрита Марка во епископа Южно-Германского, он вместе с ним переезжает в Мюнхен и начинает восстанавливать и возобновлять монашескую жизнь в монастыре преп. Иова Почаевского.

В 1983 году он принимает монашеский постриг с именем Агапит и в этом-же году рукополагается во иеродиакона. Многим он запомнится как диакон, элегантнее которого не служил никто – высокий отец Агапит обладал прекрасным тенором и замечательно тонким вкусом к литургической красоте.

В монастыре он заново создает типографию, выстраивает свечной завод, ухаживает за престарелым епископом Нафанаилом, занимается фотографией, много читает. Если он не служит в алтаре, то поет на клиросе, хорошо знаком с уставом, а с Филипом Гарднером занимается историей русского церковного пения.

Отец Агапит несколько раз посещает Афон – общается со старцами в Ильинском скиту, но знакомится и с греческой монашеской традицией.

В 1991 году он рукополагается в сан иеромонаха, а в 1995 возводится в сан игумена.

В 2000ом году Архиерейский собор РПЦЗ единогласно принимает решение о рукоположении о. Агапита во епископа – хотя сам он накануне собора просил своего авву владыку Марка, по возможности, противодействовать такому решению.

30 апреля 2001 года в кафедральном соборе новомучеников и исповедников Российских в Мюнхене, в ходе торжеств прославления в РПЦЗ святителей Игнатия (Брянчанинова), Феофана Затворника, Филарета Московского и преподобного Феофила Киевского по окончании всенощной был наречён во епископы.

1 мая 2001 года там же был хиротонисан во епископа Штутгартского, викария Германской епархии РПЦЗ.

Разносторонность его родительского дома равно как и его монашеских послушаний отразились на его епископском служении. Одной из главных заслуг его было возобновление исследования останков, найденных на Поросенковом логе, и признания их как подлинных мощей убитой Царской семьи.

Одной из главных своих задач, как архиерея, он считал заботу о священниках и их семьях, но и поддержку всесторонней работы с детьми и молодёжью, образование верующих и живое общение с ними. Он устраивал многочисленные паломнические поездки, как на восток, так и на запад – в Рим, Равенну, Милан, на Святую Землю и в Россию, везде живо интересуясь историей, археологией, искусством и наукой.

В 2010 году в течение нескольких месяцев по просьбе митрополита Илариона (Капрала) служил в Австралии. В том-же году попал в аварию, где повредил позвоночник, и впредь страдал от тяжелых болей.

В 2017 году возведен в сан архиепископа.

В 2019 году оперирован на сердце, но окончательно после операции не восстановился. 27 мая 2020 года, во время всенощной под Вознесение Господне, почувствовал себя плохо и попросил, чтобы его отвезли в больницу. Выходя из машины, он потерял сознание и был срочно реанимирован, но скончался ранним утром в праздник Вознесения – 15/28 мая 2020 года.

Согласно его желанию, после отпевания в монашеском чине владыка Агапит похоронен на русском православном кладбище в Висбадене – рядом с архиепископом Нафанаилом, за которым ухаживал многие годы – в ряду архиереев Германской епархии.